Tải bản đầy đủ

Kết quả ngoại kiểm chuẩn xét nghiệm đột biến gen EGFR năm 2014 và 2015 tại Bệnh viện Bạch Mai

T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017

KẾT QUẢ NGOẠI KIỂM CHUẨN XÉT NGHIỆM ĐỘT BIẾN GEN EGFR
NĂM 2014 VÀ 2015 TẠI BỆNH VIỆN BẠCH MAI
Ph m C m Ph ơng*; Mai Tr ng Khoa*; Nguy n Ti n Lung*
TÓM TẮT
Mục tiêu: chuẩn hóa kỹ thuật và xác định tính chính xác của xét nghiệm đột biến gen EGFR
bằng kỹ thuật Strip Assay đang thực hiện tại Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai. Phương
pháp: 29 mẫu bệnh phẩm do Mạng lưới Kiểm soát Chất lượng Di truyền học Phân tử châu Âu
(The European Molecular Genetics Quality Network - EMQN) và Hệ thống Ngoại kiểm Chất
lượng Vương quốc Anh (UK National External Quality Assessment Schemes - UK NEQAS)
cung cấp năm 2014, 2015 để xác định đột biến gen EGFR bằng kít EGFR StripAssay®
(ViennaLab). Các kết quả này sẽ được gửi trả trực tuyến và các tổ chức này đánh giá, công bố
kết quả. Kết quả: cả 29 mẫu kiểm chuẩn thực hiện đều cho kết quả chính xác với công bố của
EMQN và UK NEQAS (đạt 100%). Kết luận: kỹ thuật xét nghiệm sử dụng kít EGFR StripAssay®
và thiết bị hiện có tại Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai đảm bảo tiêu chuẩn để phát hiện
đột biến gen EGFR. Các xét nghiệm này có độ chính xác cao, ổn định, từ đó cung cấp thông tin
chính xác cho bác sỹ lâm sàng chẩn đoán và lập điều trị cho bệnh nhân (BN) ung thư phổi
(UTP) không tế bào nhỏ.
* Từ khóa: Ung thư phổi không tế bào nhỏ; Đột biến gen EGFR; Ngoại kiểm kiểm tra chất
lượng xét nghiệm.


The Results of External Quality Assessment of EGFR Mutations
Testing at Bachmai Hospital
Summary
Objectives: To standardize the technique and assess the realibility of EGFR mutations tests
by Strip Assay technique at the Gene Therapy Unit, Bachmai Hospital. Methods: 29 samples for
external quality assessment which obtained from the European Molecular Genetics Quality
Network (EMQN) and UK National External Quality Assessment Schemes (UK NEQAS) from
2014 to 2015 were detected EGFR mutations by EGFR StripAssay® (ViennaLab), these results
were submited online and compared with validated results. Results: All of samples had same
results with publication of EMQN and UK NEQAS (100% efficiency). Conclusion: EGFR mutations
tests with EGFR StripAssay® kit and equipment available at the Gene Therapy Unit, Bachmai
Hospital ensure the quality to detect EGFR mutations. These tests have high accuracy, providing
more details for clinicians in diagnosis and treatment of non-small lung cancer management.
* Key words: Non-small cell lung cancer; EGFR mutation; External quality assessment.
* Bệnh viện Bạch Mai
Ng i ph n h i (Corresponding): Ph m C m Ph ơng (camphuongmd@yahoo.com)
Ngày nh n bài: 04/07/2016; Ngày ph n bi n đánh giá bài báo: 13/12/2016
Ngày bài báo đ c đăng: 23/12/2016

47


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
ĐẶT VẤN ĐỀ
Ung thư phổi là bệnh ung thư phổ biến
trên thế giới và ở Việt Nam. Hiện nay, có
nhiều tiến bộ trong chẩn đoán (sinh học
phân tử, tế bào…) và điều trị bệnh UTP
(phẫu thuật, xạ trị, hóa trị, điều trị đích…),
do đó đã nâng cao hiệu quả điều trị và cải
thiện chất lượng sống cho người bệnh.
Một trong những tiến bộ trong chẩn
đoán là xét nghiệm đột biến gen EGFR
(Epidermal Growth Factor Receptor: thụ
thể yếu tố phát triển biểu mô). Gen EGFR
này đóng vai trò quan trọng trong hoạt
động chức năng phát triển và biệt hóa
của tế bào. Đột biến EGFR dẫn đến tăng
biểu hiện hoặc tăng cường hoạt động của


EGFR được phát hiện trong nhiều loại
bệnh ung thư trong đó có UTP.
Hiện nay, đã có nhiều bước tiến quan
trọng trong điều trị, như sự ra đời của các
thuốc điều trị đích (kháng thể đơn dòng,
thuốc phân tử nhỏ, ức chế vùng tyrosine
kinase [tyrosine kinase inhibitor - TKI] của
thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu mô) đã
được sử dụng để điều trị cho BN UTP
không tế bào nhỏ. Các nghiên cứu trên
thế giới và tại Việt Nam đã cho thấy BN
có đột biến EGFR có thời gian sống thêm
không bệnh tiến triển (progression-free
survival - PFS) và thời gian sống thêm
toàn bộ (overall survival - OS) cao hơn
BN không có đột biến EGFR khi được
điều trị bằng các thuốc TKI [1, 2]. Vì vậy,
xét nghiệm đột biến gen EGFR cho BN
UTP không tế bào nhỏ thực sự cần thiết
để các bác sỹ lâm sàng lựa chọn phương
án điều trị tối ưu nhất cho người bệnh.
48

Hiện nay, có nhiều phương pháp khác
nhau để xét nghiệm đột biến gen EGFR
như giải trình tự gen (giải trình tự Sanger
hoặc pyrosequencing), real time PCR
(ví dụ kít therascreen - Qiagen), lai đầu dò
(Strip Assay - ViennaLab)… Mỗi phương
pháp đều có những ưu nhược điểm riêng:
các kít therascreen, Strip Assay có độ
nhạy cao, nhưng chỉ phát hiện được số
lượng đột biến giới hạn theo thiết kế kít;
trong khi các phương pháp giải trình tự có
khả năng phát hiện đột biến mới, hiếm
gặp, nhưng đòi hỏi số lượng tế bào mang
đột biến trong mẫu phân tích lớn [3]. Do
vậy, các phương pháp xét nghiệm này có
thể cho kết quả khác nhau trên cùng một
mẫu phân tích. Vì vậy, việc ngoại kiểm tra
chất lượng xét nghiệm có vai trò đặc biệt
quan trọng trong đánh giá khả năng phát
hiện đột biến gen EGFR.
Nhằm chuẩn hóa kỹ thuật, đồng thời
xác định tính chính xác và tính ổn định
của xét nghiệm đột biến gen EGFR, Đơn
vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai đã
tham gia các đợt ngoại kiểm chuẩn chất
lượng xét nghiệm của Mạng lưới EMQN
và Hệ thống UK NEQAS, đều có trụ sở tại
Thành phố Manchester, Anh.
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP
NGHIÊN CỨU
1. Đối tượng nghiên cứu.
29 mẫu bệnh phẩm UTP không tế bào
nhỏ nhận được từ EMQN (10 mẫu năm
2014, 10 mẫu năm 2015) và UK NEQAS
(9 mẫu năm 2015). Các mẫu này đều
được cố định bằng formalin và đúc paraffin
(formalin-fixed, paraffin-embedded - FFPE)


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
để làm tiêu bản HE và phân tích đột biến
gen EGFR. Đây là các mẫu mù, gửi cho
tất cả các phòng thí nghiệm đăng ký tham
gia ngoại kiểm, trong đó tình trạng đột
biến gen EGFR xác định trước đó từ một
phòng thí nghiệm chuẩn.
2. Phương pháp nghiên cứu.
* Địa điểm nghiên cứu: Đơn vị Gen Trị
liệu, Trung tâm Y học Hạt nhân và Ung
bướu - Bệnh viện Bạch Mai.
* Thời gian nghiên cứu: năm 2014 2015.
* Phương pháp nghiên cứu: đối chiếu
kết quả phân tích đột biến EGFR tại Bệnh
viện Bạch Mai với kết quả của các tổ
chức ngoại kiểm.
* Thiết bị, vật tư, hóa chất:
- Thiết bị: thiết bị cơ bản của phòng thí
nghiệm sinh học phân tử như bộ pipet
kèm giá đỡ (Eppendorf Research Plus),
máy ly tâm lạnh (Eppendorf 5424R),
máy ủ nhiệt kèm lắc rung (Eppendorf
Thermomixer comfort), máy định lượng
ADN theo nguyên tắc huỳnh quang
(Qubit® 2.0 Fluorometer), máy PCR
(Eppendorf Mastercycler pro S)…
- Hóa chất: kít tách ADN từ mô FFPE
(PureLink® Genomic DNA Mini Kit,
Invitrogen), kít định lượng ADN theo
nguyên tắc huỳnh quang (Qubit™ dsDNA
HS, Molecular Probes), kít xác định đột
biến gen EGFR (EGFR StripAssay®,
ViennaLab)…
- Vật tư tiêu hao: vật tư cần thiết được
các hãng uy tín cung cấp: ống PCR; ống
ly tâm 1,7 ml; đầu tip 10, 20, 200, 1.000 µl
(Corning); ống Qubit assay (Invitrogen)…

* Các bước tiến hành: 29 mẫu bệnh
phẩm được thực hiện xét nghiệm đột biến
EGFR theo quy trình như sau: tách ADN
từ mô FFPE (sử dụng kít PureLink®
Genomic DNA Mini Kit, Hãng Invitrogen),
định lượng ADN (Qubit™ dsDNA HS,
Molecular Probes), khuếch đại đoạn gen
quan tâm bằng phản ứng PCR và lai sản
phẩm khuếch đại với đầu dò đặc hiệu
(EGFR StripAssay®, ViennaLab), phân tích
kết quả (sử dụng phần mềm StripAssay®
Evaluator, ViennaLab).
* Đối chiếu kết quả: kết quả phân tích
được gửi trực tuyến cho EMQN và UK
NEQAS. Sau đó, các tổ chức này sẽ so
sánh kết quả của Bệnh viện Bạch Mai với
kết quả xét nghiệm đã biết trước, từ đó sẽ
phân tích, đánh giá về chất lượng xét
nghiệm EGFR tại Đơn vị Gen Trị liệu,
Bệnh viện Bạch Mai.
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ
BÀN LUẬN
1. Kết quả ngoại kiểm của EMQN
năm 2014.
Việc ngoại kiểm tra chất lượng xét
nghiệm có vai trò đặc biệt quan trọng
trong đánh giá khả năng phát hiện đột
biến gen EGFR. Nhằm chuẩn hóa kỹ
thuật, đồng thời xác định tính chính xác
và tính ổn định của xét nghiệm đột biến
gen EGFR, Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện
Bạch Mai đã tham gia các đợt ngoại kiểm
của hai tổ chức kiểm chuẩn chất lượng
xét nghiệm uy tin trên thế giới: EMQN (từ
năm 2014) và UK NEQAS (từ năm 2015).
49


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
Bảng 1: Kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên các mẫu kiểm chuẩn EMQN 2014.
Mã bệnh
phẩm

Chẩn đoán

Vị trí/phương pháp
lấy mẫu

Kết quả của
EMQN

Kết quả phân tích
tại Đơn vị Gen Trị
liệu

01.6127774

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy trên phổi phải
(phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

02.6130768

UTP (biểu mô
tuyến)

Phế quản (sinh thiết)

Đột biến L858R
(exon 21)

Đột biến L858R
(exon 21)

03.6153218

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy trên phổi phải
(phẫu thuật)

Đột biến G719S
(exon 18)

Đột biến G719S
(exon 18)

04.6126965

EMQN không
cung cấp

EMQN không cung
cấp

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

05.6127265

EMQN không
cung cấp

EMQN không cung
cấp

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

06.6130038

EMQN không
cung cấp

EMQN khôngcung cấp

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

07.6130241

EMQN không
cung cấp

EMQN không cung
cấp

Đột biến
E746_A750del
(exon 19)

Đột biến
E746_A750del
(exon 19)

08.6126384

EMQN không
cung cấp

EMQN không cung
cấp

Đột biến L861Q
(exon 21)

Đột biến L861Q
(exon 21)

09.6161625

EMQN không
cung cấp

EMQN không cung
cấp

Đột biến L858R
(exon 21)

Đột biến L858R
(exon 21)

10.6161844

EMQN không
cung cấp

EMQN không cung
cấp

Đột biến
E746_A750del
(exon 19)

Đột biến
E746_A750del
(exon 19)

Gen EGFR nằm ở nhiễm sắc thể 7p11.2,
dài khoảng 200 kb, chứa 28 exon. Các đột
biến liên quan đến đáp ứng với TKI nằm
trên các exon từ 18 - 21, trong đó các đột
biến thay thế ở exon 18 và 21, mất đoạn
ở exon 19 (chiếm chủ yếu) làm tăng độ
nhạy với thuốc, đột biến thay thế T790M
và một số đột biến thêm đoạn trên exon
20 (chiếm tỷ lệ nhỏ) liên quan đến kháng
thuốc. Tỷ lệ đột biến EGFR phụ thuộc vào
chủng tộc, tình trạng hút thuốc lá, giới…,
tỷ lệ đột biến EGFR ở người chủng tộc
châu Á cao hơn chủng tộc châu Âu, châu
Mỹ [2, 4].
50

Chúng tôi sử dụng kít EGFR StripAssay®
(ViennaLab) để phân tích đột biến gen
EGFR. Đây là kít được thiết kế theo
nguyên tắc PCR kết hợp lai đầu dò đặc
hiệu: giai đoạn PCR sử dụng mồi (primer)
đặc hiệu giúp khuếch đại chính xác với
các trình tự gen quan tâm. Phân tử biotin
được gắn trên mồi nhờ đó cũng đưa vào
sản phẩm khuếch đại. Ở giai đoạn lai,
những đoạn ADN được khuếch đại kết
hợp chính xác với đầu dò (probe) tương
ứng trên teststrip, phân tử biotin gắn
trên những đoạn này được hoạt hoá
bởi streptavidin thành dạng phát màu.


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
Nhờ đó, dễ dàng phát hiện kết quả bằng
cách so màu trên teststrip, đối chiếu với
thang chuẩn bằng mắt thường hoặc
phần mềm StripAssay® Evaluator. Bộ kít
có độ nhạy cao, có khả năng phát hiện
khi số lượng tế bào mang đột biến < 1%,
đồng thời được cấp chứng chỉ tiêu
chuẩn xét nghiệm châu Âu áp dụng cho
chẩn đoán bệnh (European Conformity In Vitro Diagnostics, CE-IVD). Kít EGFR

StripAssay® có khả năng phát hiện
16 đột biến, chiếm tỷ lệ cao nhất trên
exon 18 - 21 và có vai trò trong đáp ứng
điều trị với TKI. Hiện nay, chúng tôi
đã chuyển sang sử dụng kít EGFR XL
StripAssay® được cải tiến từ kít EGFR
StripAssay®, trong đó số lượng đột biến
phát hiện cao hơn (30 đột biến trên các
exon 18 - 21) để nâng cao hơn chất lượng
xét nghiệm.

Kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên 10 mẫu kiểm chuẩn tại Đơn vị Gen Trị
liệu đều cho kết quả chính xác theo công bố của EMQN 2014, đạt tỷ lệ 100%.

Hình 1: Phân tích kết quả trên thanh teststrip.
(Trên mỗi thanh teststrip có sẵn vạch control cho phản ứng lai, PCR negative control
cho từng exon [vạch 17 - 20] và PCR positive control (vạch 21) làm đối chứng. Các vạch
1 - 16 tương ứng với 16 đột biến trên 4 exon 18 - 21. Mẫu 01.6127774 [trái] không
phát hiện đột biến, mẫu 02.6130768 [giữa] phát hiện đột biến L858R trên exon 21,
mẫu 03.6153218 [phải] phát hiện đột biến G719S trên exon 18)
51


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
2. Kết quả ngoại kiểm của EMQN năm 2015.
Bảng 2: So sánh kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên các mẫu kiểm chuẩn
EMQN 2015.

bệnh phẩm

Chẩn đoán

Vị trí/phương
pháp lấy mẫu

Kết quả của EMQN

Kết quả phân tích
tại Đơn vị Gen Trị liệu

01.6270600

UTP
(biểu mô tuyến)

Phế quản
(sinh thiết)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

02.6266929

UTP
(biểu mô tuyến)

U thùy trên phổi
phải (phẫu thuật)

Đột biến L861Q
(exon 21)

Đột biến L861Q
(exon 21)

03.6270088

UTP
(biểu mô tuyến)

U thùy trên phổi
phải (phẫu thuật)

Đột biến T790M
(exon 20)

Đột biến T790M
(exon 20)

04.6271000

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

05.6267553

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Đột biến L858R
(exon 21)

Đột biến L858R
(exon 21)

06.6271489

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

07.6266391

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Đột biến L858R (exon 21)
và T790M (exon 20)

Đột biến L858R (exon 21)
và T790M (exon 20)

08.6271739

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

09.6290622

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Đột biến E746_S752delinsV (exon 19)

Đột biến
E746_S752del-insV
(exon 19)

10.6291042

EMQN không
cung cấp

EMQN không
cung cấp

Đột biến E746_A750del
(exon 19)

Đột biến E746_A750del
(exon 19)

Tương tự EMQN 2014, kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên 10 mẫu kiểm
chuẩn EMQN 2015 tại Đơn vị Gen Trị liệu đều cho kết quả chính xác theo công bố,
đạt tỷ lệ 100%.
52


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
3. Kết quả ngoại kiểm của UK NEQAS năm 2015.
Bảng 3: Kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên các mẫu kiểm chuẩn UK NEQAS
2015.
Mã bệnh
phẩm

Chẩn đoán

Vị trí/phương
pháp lấy mẫu

Kết quả của UK NEQAS

Kết quả phân tích
tại Đơn vị Gen Trị liệu

172L14A

UTP (biểu mô
tuyến)

U phổi
(phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

182L14E

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy dưới phổi
phải (phẫu thuật)

Đột biến
L747_P753delinsS (exon
19)

Đột biến
L747_P753delinsS
(exon 19)

192L15D

UTP (biểu mô
tuyến)

Khối di căn buồng
trứng (phẫu thuật)

Đột biến
G746_P753delinsVS
(exon 19) và T790M
(exon 20)

Đột biến T790M
(exon 20)

210L15C

UTP (biểu mô
tuyến)

U phổi
(phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

211L15C

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy trên phổi
phải (phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

233L15C

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy dưới phổi
trái (phẫu thuật)

Đột biến (S768_D770
dup) (;) (P772A) (exon 20)

Không phát hiện
đột biến

220L15C

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy dưới phổi
phải (phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

219L15C

UTP (biểu mô
tuyến)

U phổi
(phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

245L15C

UTP (biểu mô
tuyến)

U thùy dưới phổi
trái (phẫu thuật)

Không phát hiện
đột biến

Không phát hiện
đột biến

Kết quả phân tích đột biến gen EGFR
trên 9 mẫu kiểm chuẩn UK NEQAS 2015
tại Đơn vị Gen Trị liệu cho kết quả chính
xác 7/9 mẫu. Đối với 2 trường hợp mẫu
192L15D và 233L15C, UK NEQAS xác
nhận kết quả phân tích tại Đơn vị Gen Trị
liệu không phát hiện được các đột biến
hiếm gặp do hạn chế của kít xét nghiệm,
do đó vẫn đánh giá độ chính xác 100% về
chất lượng labo.
Kết quả ngoại kiểm theo EMQN trong
năm 2014 và 2015 cho thấy Đơn vị Gen

Trị liệu cho kết quả chính xác 100% theo
công bố của EMQN. Đây là kết quả rất
đáng khích lệ khi so sánh với kết quả
tổng hợp của EMQN, tỷ lệ xét nghiệm lỗi
của các phòng thí nghiệm tham gia ngoại
kiểm năm 2014 là 3,8%, năm 2015 là 4,2%,
nhưng tỷ lệ này ở Đơn vị Gen Trị liệu là
0% trong cả 2 năm. Những vấn đề sai sót
xảy ra ở các labo có thể do trường hợp
đột biến hiếm gặp như G719S trên exon
18, E746_S752delinsV trên exon 19 hay
L861Q trên exon 21 (được khuyến cáo
không phát hiện bằng kít cobas); hoặc mẫu
53


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
có tỷ lệ tế bào mang đột biến thấp (như mẫu
2, 3 và 7 của EMQN 2014 có tỷ lệ này
< 15%), gây nên âm tính giả khi sử dụng

các phương pháp hoặc kít xét nghiệm có
độ nhạy không cao, đặc biệt là phương
pháp giải trình tự gen [5, 6].

Bảng 4: Tổng hợp xét nghiệm lỗi của các labo tham gia kiểm chuẩn EMQN năm
2014 và 2015.
EMQN 2014

EMQN 2015

Mẫu

Số labo
gửi kết quả

Số labo xét
nghiệm lỗi

Tỷ lệ lỗi
(%)

Mẫu

Số labo gửi
kết quả

Số labo xét
nghiệm lỗi

Tỷ lệ lỗi
(%)

1

254

3

1,1

1

279

9

3,2

2

254

9

4,3

2

279

21

11,1

3

256

11

5,4

3

279

16

7,5

4

252

8

3,2

4

282

7

2,9

5

253

6

2,4

5

282

13

4,6

6

256

9

3,5

6

282

8

2,8

7

249

6

2,3

7

282

11

3,9

8

256

22

8,5

8

282

8

2,8

9

249

10

4,0

9

282

10

3,6

10

256

9

3,5

10

282

22

7,8

Tổng

2543

93

3,8

Tổng

2.811

117

4,2

(Năm 2014 có 277 labo ở 39 quốc gia đang ký tham gia, trong đó 258 labo hoàn
thành và báo cáo kết quả. Năm 2015 có 290 labo báo cáo kết quả trong tổng số
321 labo [ở 47 quốc gia] đăng ký tham gia).
Đối với kết quả ngoại kiểm theo UK
NEQAS 2015, Đơn vị Gen Trị liệu thực
hiện trên 9 mẫu bệnh phẩm, cho kết quả
chính xác 7/9 mẫu. Đối với mẫu 192, khi
sử dụng kít EGFR StripAssay®, chúng tôi
chỉ phát hiện đột biến T790M trên exon 20,
thực tế mẫu này có thêm đột biến
G746_P753delinsVS trên exon 19 (đây là
đột biến rất hiếm gặp, theo cơ sở dữ liệu
COSMIC phân tích trên 141.465 bệnh
nhân, đột biến này chỉ chiếm 0,02% tổng
số đột biến). Đột biến này có thể phát
54

hiện được bằng kít EGFR XL StripAssay®
mà chúng tôi đang sử dụng hiện nay.
Trong khi đó, mẫu 233 mang đồng thời 2
đột biến hiếm gặp trên exon 20: đột biến
thêm đoạn S768_D770 (0,02%) và đột
biến thay thế P772A (< 0,01%), đều là
những dạng không phát hiện được bằng
kít EGFR StripAssay®. Trong cả 2 trường
hợp này, UK NEQAS đều xác nhận do
hạn chế của kít xét nghiệm và vẫn đánh
giá độ chính xác 100% về chất lượng labo
[7, 8].


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
Bảng 5: Tổng hợp xét nghiệm lỗi của các labo tham gia kiểm chuẩn UK NEQAS
năm 2015.
STT

Mẫu

Số labo gửi kết quả

Số labo xét nghiệm lỗi

Tỷ lệ lỗi (%)

1

172

100

7

7,0

2

182

100

5

5,0

3

192

100

11

11,0

4

210

100

2

2,0

5

211

100

1

1,0

6

233

100

20

20,0

7

220

100

2

2,0

8

219

100

5

5,0

9

245

100

2

2,0

900

55

6,1

Tổng số

(Có 100 labo báo cáo kết quả trong tổng số 105 labo đăng ký tham gia).
Hiện nay, có nhiều phương pháp khác
nhau để xét nghiệm đột biến gen EGFR
như giải trình tự gen (giải trình tự Sanger
hoặc pyrosequencing), real time PCR
(ví dụ như kít therascreen - Qiagen, cobas Roche), lai đầu dò (Strip Assay ViennaLab)… Mỗi phương pháp đều có
những ưu nhược điểm riêng: kít therascreen,
cobas, Strip Assay có độ nhạy cao, có
chứng chỉ IVD, nhưng chỉ phát hiện được
số lượng đột biến giới hạn theo thiết kế
kít (thường là các dạng đột biến phổ biến,
với tổng tỷ lệ xuất hiện chiếm > 95%);
trong khi các phương pháp giải trình tự có
khả năng phát hiện được đột biến mới,
hiếm gặp, nhưng đòi hỏi số lượng tế bào

mang đột biến trong mẫu phân tích lớn,
đồng thời kết quả xét nghiệm phụ thuộc
nhiều vào kỹ thuật viên (thiết kế mồi, thao
tác thực hiện, nhận định kết quả) [3].
Thực tế qua kết quả tổng kết của 3 đợt
ngoại kiểm cho thấy: một số dạng đột
biến hiếm gặp không phát hiện được
bằng các kít thương mại như L861Q trên
exon 21 (không phát hiện được bằng kít
cobas - Roche), thêm đoạn exon 20 (đối
với kít therascreen - Qiagen, Strip Assay ViennaLab); các phương pháp giải trình
tự gen cho kết quả âm tính giả đối với
mẫu có tỷ lệ tế bào mang đột biến thấp,
ngoài ra chất lượng xét nghiệm không
ổn định [5, 6, 7, 8].
55


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
Bảng 6: Ưu, nhược điểm của một số phương pháp phát hiện đột biến gen EGFR [3].
Giải trình tự Sanger

Giải trình tự
pyrosequencing

Therascreen

Strip Assay

Không

Không





Giới hạn phát hiện

25 - 30%

5 - 10%

1%

< 1%

Thời gian trả kết quả

2 - 3 ngày

2 ngày

1/2 ngày

1 ngày

Thời gian thực hiện

6 giờ

4 giờ

2 giờ

6 giờ

Số xét nghiệm tối thiểu
mỗi lần chạy

1 phản ứng

1 phản ứng

8 phản ứng

1 phản ứng

Khả năng phát hiện đột
biến hiếm gặp





Không

Không

Hệ thống
giải trình tự Sanger

Hệ thống
pyrosequencing

Hệ thống real
time PCR

Hệ thống
PCR

Phương pháp
Chứng chỉ CE - IVD

Thiết bị chuyên dụng
cần thiết

KẾT LUẬN
Qua nghiên cứu 29 mẫu bệnh phẩm
UTP không tế bào nhỏ thực hiện ngoại
kiểm xét nghiệm EGFR tại Đơn vị Gen Trị
liệu, Bệnh viện Bạch Mai năm 2014 2015 cho thấy:

L i c m ơn: Nhóm nghiên cứu xin
chân thành cảm ơn Công ty Roche và
AstraZeneca đã hỗ trợ đăng ký tham gia
kiểm chuẩn xét nghiệm đột biến gen
EGFR.
TÀI LIỆU THAM KHẢO

- Kỹ thuật xét nghiệm sử dụng kít
EGFR StripAssay® và các thiết bị hiện có
tại Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch
Mai đảm bảo tiêu chuẩn để phát hiện đột
biến gen EGFR.

1. Tạ Thành Văn. Nghiên cứu xác định đột
biến gen quyết định tính đáp ứng thuốc trong
điều trị ung thư đại trực tràng và UTP. Đề tài
Khoa học cấp Nhà nước KC.04.06/11-15. Bộ
Khoa học và Công nghệ. 2014.

- 27/29 mẫu ngoại kiểm cho kết quả
chính xác, 2 mẫu còn lại mang các đột
biến rất hiếm gặp và không có trong thiết
kế của bộ kít, do đó vẫn được các tổ
chức ngoại kiểm đánh giá labo Đơn vị
Gen Trị liệu cho kết quả chính xác 100%.

2. Shi Y, Au J.S, Thongprasert S,
Srinivasan S, Tsai CM, Khoa M. T et al. A
prospective, molecular epidemiology study of
EGFR mutations in Asian patients with advanced
non-small-cell lung cancer of adenocarcinoma
histology (PIONEER). J Thorac Oncol. 2014,
9 (2), pp.154-162.

Như vậy, xét nghiệm đột biến gen
EGFR thực hiện tại Bệnh viện Bạch Mai
có độ chính xác và ổn định cao. Từ đó,
cung cấp thêm thông tin đáng tin cậy cho
bác sỹ lâm sàng trong điều trị UTP không
tế bào nhỏ.

3. Jancik S, Drabek J et al. A comparison
of direct sequencing, pyrosequencing, high
resolution melting analysis, TheraScreen DxS,
and the K-ras Strip Assay for detecting KRAS
mutations in non small cell lung carcinomas.
Journal of Experimental & Clinical Cancer
Research. 2012, 31, pp.79-91.

56


T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017
4. Cheng L, Alexander R.E et al. Molecular
pathology of lung cancer: key to personalized
medicine. Modern Pathology. 2012, 25 (3),
pp.347-369.
5. The European Molecular Genetics Quality
Network. EMQN External Quality Assessment
Scheme for Lung Cancer, 2014. EMQN Online.
Manchester, UK. 2014.
6. The European Molecular Genetics Quality
Network. EMQN External Quality Assessment
Scheme for Lung Cancer, 2015. EMQN Online.
Manchester, UK. 2015.

7. UK National External Quality Assessment
Schemes. External Quality Assessment
Scheme 2015 - 2016, Molecular genetic
analysis of non-small cell lung cancer.
Scheme Report - Run 1. UK NEQAS Online.
Manchester, UK. 2015.
8. UK National External Quality Assessment
Schemes. External Quality Assessment
Scheme 2015 - 2016, Molecular genetic
analysis of non-small cell lung cancer.
Scheme Report - Run 2. UK NEQAS Online.
Manchester, UK. 2016.

57



Tài liệu bạn tìm kiếm đã sẵn sàng tải về

Tải bản đầy đủ ngay

×